As atuais Linhas de pesquisa do PPGMCF são:
CONTROLE DO METABOLISMO ENERGÉTICO E DA INGESTÃO ALIMENTAR
ENSINO DE FISIOLOGIA E DIVULGAÇÃO CIENTÍFICA
FARMACOLOGIA DE PRODUTOS NATURAIS E SINTÉTICOS
FISIOECOLOGIA DE ANIMAIS AQUÁTICOS E TERRESTRES
FISIOLOGIA DO EXERCÍCIO FÍSICO
FISIOLOGIA DO SISTEMA CARDIOVASCULAR
FISIOLOGIA E FARMACOLOGIA DA DOR, DA INFLAMAÇÃO E DA REPARAÇÃO TECIDUAL
NEUROFISIOLOGIA E COMPORTAMENTO
REGULAÇÃO DA FUNÇÃO RESPIRATÓRIA
REGULAÇÃO DO EQUILÍBRIO HIDROELETROLÍTICO
